对婴儿体内获得微生物群系的另外一个威胁来自于母亲摄入的抗生素。在反应停事件之后，医学界对于孕妇用药格外谨慎。这是否意味着推荐给孕妇使用的抗生素就是安全的呢？它们对谁安全，是母亲还是胎儿？
       大多数医生认为青霉素类药物是安全的，包括氨苯青霉素、阿莫西林和安美汀(Augmentin),它们往往用于治疗 1。。怀孕期间的各种轻度感染一咳嗽、嗓子疼、尿道感染，等 等。有时候，即使医生认为孕妇患的是病毒感染，“为了安全起见”(鉴于她们有轻微的可能感染的是细菌)，也依然会开些抗生素。正如我们所知的那样，抗生素对母亲体内所有部位的细菌都有影响，它会抑制易感细菌、筛选耐药细菌。 孕妇服药的时间越接近分娩，新生儿微生物群系受的影响就越大。
       然后是分娩本身。产妇往往都摄入抗生素以抵御剖宫产之后的感染，或者预防B群链球菌的感染。在今天的美国，大约40%的女性在分娩期间接受过抗生素注射，这意味着大约40%的新生儿在获得奠基微生物的同时也接触了抗生素。
       30年前，2%剖宫产的女性在手术之后会被感染。这令人无法接受。因此今天所有的妇女在第一次剖宫产之前都接受抗生素注射以防万一。
在新生儿身上，抗生素同样用于预防B群链球菌感染。这种细菌生活在肠道、口腔、皮肤，有时候也出现在阴道，但是很少给母亲带来麻烦。其实，链球菌是人体里发现的最常见的细菌类型之一。在美国，约1 /4〜1/3的孕妇携带有 B群链球菌。
       但是有时候，B群链球菌对免疫系统尚未发育完全的新生儿来说是致命的。虽然这样的感染并不常见，但是医护人员推荐所有的孕妇在分娩前都做这项检查。如果结果是阳性，他们会让孕妇在临近分娩之前打一针青霉素或者有类似效果的抗生素。
       但是，我们也都知道，抗生素的作用范围广泛，并不专一，而这正是问题所在。当抗生素消灭B群链霉素的时候， 它同样影响了其他对我们有益的细菌，消灭了易感细菌，筛选了耐药细菌。这种做法改变了母亲身体各处的微生物组成，而且这一切都刚好发生在代际转移即将发生的时刻。
       婴儿受到的影响同样无法预料。任何进入胚胎血液或者母亲乳汁里的抗生素都不可避免地影响到婴儿体内微生物的组成。一个刚生下来血液里就流淌着青霉素、肠道里就含有耐药细菌的婴儿，与那些不含药物或者不含耐药细菌的婴儿是截然不同的。原因在于抗生素影响了发育中的微生物组, 但是我们只是刚刚开始理解这个过程。一个可能的结果是抗生素抑制了某些类群的细菌，促进了另外一些类群的细菌。 无论这是微不足道的暂时现象，还是一个累积效应的开始， 我们目前都不得而知。我相信这是一个值得研究的重要领域。
       总而言之，在美国，每年都有超过100万的孕妇检测出了B群链球菌，而且这些人都将在分娩期间接受静脉注射青霉素，以避免胎儿受到B群链球菌感染。但是，实际上，每200个婴儿中只有1个从携带着B群链球菌的母亲那里获得该细菌。为了避免1个孩子，我们连累了其他199位孩子。 一定还有其他更好的方法来解决这个问题。
青霉素除了偶尔引起过敏，似乎没有其他明显的副作用。如果真是这样，大规模的滥用似乎不是问题。但是如果微生物群落组成的变化会影响婴儿的代谢、免疫乃至智力方面的发育呢？在接下来的篇章里，我们将会看到，根据我的实验室与其他一些实验室的研究结果，这些忧虑并非毫无根据。
另一项重要的考量在于，尽管今天的婴儿出生时患有B 群链球菌感染的概率越来越少，但是其他细菌感染的概率却在不断增加。通过消灭或者抑制某些细菌，青霉素也在筛选着耐药细菌，比如某些毒性大肠埃希菌，它们本身就可以感染新生儿。为了避免少数严重的新生儿感染，我们每年连累了 100万名母亲接受青霉素，而且净收益可能并不如我们预期的那样大。最近，与一位同事的对话也令我非常震惊。虽然检测结果表明他的妻子并不携带B群链球菌，但是医生仍然建议她接受高剂量的青霉素（以免他们“遗漏”了什么）。 幸运的是，她拒绝了许多女性在另外一个场合下也接受了抗生素，这就是会 阴切开术。这个手术通过剪开会阴来预防胎儿头部露出产道时造成会阴撕裂和大出血。20多年前，约有一半的美国女性在分娩时接受该手术。如今，由于习俗的改变，这个比例降到了1/3。但是在拉丁美洲，9/10的女性在第一次自然分娩的时候仍然会接受这些手术。这个比例因各地的风俗习惯以及医生的建议而异。但是大多数母亲可能从来没有意识 到在分娩的时候她们接受了抗生素——医生没有告诉过她们，新闻媒体也没有报道过。
       最后，婴儿也会直接接触到抗生素。大多数父母都没有意识到，时至今日，美国的新生儿一岀生就摄入了抗生素， 这是为了避免儿童眼部感染。多年之前，当还没有抗生素的时候，患了淋病的女性无法清除病原体，但她们也不会表现出任何疾病的症状，这些状况只有当她们的孩子患上一种可怕的眼部感染后才会被发现。当婴儿出生的时候，他们的脸上就沾上了这些细菌。这种叫做淋球菌性眼炎的眼部感染有时会非常严重，有些婴儿甚至会因此失明。
在过去100多年里，人们都使用眼药水来预防这种感染，最初用的都是硝酸银，最近开始使用抗生素。尽管广谱抗生素的抗菌效果主要限于眼部，但它却会被血液吸收并散布到新生儿的身体各处。虽然它的剂量很低，但是这一时机却非常关键——此时正值婴儿体内的微生物群系开始形成的关键时期，即使是低剂量的抗生素也有可能影响奠基微生物群系的组成。我的实验室正致力于开展这方面的研究，来衡量抗生素对微生物群系的干扰程度。
       因此，尽管严重的疾病非常罕见，每年在美国出生的400多万名婴儿都在接受着抗生素治疗。我们可以并且应当 用更好的方法来筛选出真正需要抗生素治疗的婴儿，这样的婴儿在每年的几百万新生儿中也许只有几百人。在瑞典，新生儿不必接受硝酸银或者抗生素眼药水的治疗，但瑞典的感染率并未因此上升。这为我们提供了一个可循的先例来更加细致地评估风险与收益。然而，目前我们采取的方案是“宁 可错杀一千，不可放过一个这一方案默认的前提是：抗 生素的使用基本上没有生物学代价。可是，如果这是有代价的呢？ 
网络转载《消失的微生物》作者马丁•布莱泽。